尼奥终于意识到自己的能力和使命，在中弹"复活"同时，他也变成了无所不能的“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：尼奥将带锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。在打败曹操史密斯、救出墨菲之后，NEO随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地。

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